Het membraansysteem is gebaseerd op continue werking als ontwerpbasis, maar in de praktijk zal er altijd een bepaalde frequentie van opstarten en afsluiten zijn.
Wanneer het membraansysteem is uitgeschakeld, moet het permeaatwater of voorbehandeld water worden gebruikt voor spoelen met lage druk om het geconcentreerde water te vervangen met een hoge concentratie maar met kalkaanslag van het membraanelement. Er moeten ook maatregelen worden genomen om te voorkomen dat water uit het systeem lekt en lucht binnendringt, aangezien er een onomkeerbaar verlies van permeaatflux kan zijn als het element water verliest en uitdroogt.
Als de uitvaltijd minder dan 24 uur is, zijn er geen maatregelen nodig om microbiële groei te voorkomen. Als de uitvaltijd echter de bovengenoemde bepalingen overschrijdt, moet beschermende vloeistof worden gebruikt voor systeemconservering of moet het membraansysteem regelmatig worden gespoeld.
